现场检查和不符合项整改
检查组根据检查计划的安排对企业进行现场检查。现场检查以末次会议结束，包括对企业的基地、加工厂等区域的现场检查，对管理人员和操作人员的访问，对管理体系文件的评审，对申请认证的产品进行取样送检等。检查组会对发现的不符合事实出具书面不符合项报告，对企业能否通过认证仅做出推荐性意见。
现场检查后，企业应对不符合项进行原因分析，采取有效的纠正措施，在认证机构规定的期限内向检查组长提交纠正措施的实施证据，由检查组长对企业进行书面或现场的跟踪验证（根据不符合项的严重情况，不符合项分一般不符合项和严重不符合项两种，前者进行书面的资料验证，后者进行现场验证）。纠正措施实施的有效性经检查组长验证符合要求后上报认证机构。
种子和种苗要求
种子和种苗不能使用农药等禁用物质处理，适合当地的生长环境，非转基因品种，对病害有比较好的抗性。
使用腐熟的有机肥，禁止使用化肥和城市污水。禁止使用农药和除草剂。
严格控制矿物质肥料的使用，防止重金属积累。
使用合理的种植结构和种植制度，根据作物种植年限和土壤肥力进行轮作、间作、休耕。
储存、运输
储存仓库禁止放置农药、化肥，卫生达标，有防虫鼠措施。运输工具也必须清理干净。
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